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转过几天，马士英带着一众军机处大臣，向朱由崧报告了税制改革的进展：“陛下，臣等想尽办法，仍有两百万两的缺额。”
马士英有些尴尬的说着：“所以，军机处的建议是，今年减半发放养廉银和养老银，待朝廷财政充实后，再逐步加增到标准水平。”
朱由崧同意道：“这倒也是个解决办法！”
实际上，朱由崧与军机处在预算问题上是有分歧的----军机处估算一两年内，明廷的年开支在1500万两左右，五六年后，明廷年开支会逐步增加到2000万两上下；而朱由崧认为短期内明廷年支出应该在2200万两左右，五六年后，明廷的年开支可能增加到3000万----只不过考虑到明廷现有的收入，不能涸泽而渔的朱由崧就只能暂时予以妥协。
只是同意归同意，朱由崧随即提出了一个很关键的问题：“但未来财税增长能否跟得上朝廷支出的增长？”
这话，让在场人很难接，说能吧，谁也不敢押上自己的未来前程，说不能吧，朱由崧这一关怎么过呢！
见众臣无言以对，于是，朱由崧拿出数据：“算上三饷，以万历朝清丈后的数字，朝廷田赋收入应该有一千八百万两以上，但这个数字，从来就没实现过，收的最多时，也只有七成半，一般而言是六成五、六成八的样子，也就是一千两百万两上下。”
朱由崧看了看在场的官员，淡然的说道：“那么朕就以一千二百万两为限，作为朝廷在关内收取的田赋总额，今后，关内开垦的土地多了，朕也不加征，开垦土地少了，或遭灾，朕就往下减，总之，一千二百万两田赋是上限，是总额，再多也不会收了；不过，朕考虑到地方上习惯懒政的积弊，对外宣传还是要说征一千六百万两的！”
朱由崧说到这，嘴角浮出了一丝冷笑：“多少给地方缓口气的余地嘛，不能用考成法逼得太紧了，真要逼得地方不惜手段横征暴敛了，朕也是不忍心的！”
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别的大臣小臣还在品砸1200万两和实收七成半的数字，但田仰脸上已经一片苦涩了！
没错，朱由崧话说的漂亮，但到时候真收不上1200万两来，户部将负主要的责任。
“有了这一千二百万两银子打底，军费是出来了，”朱由崧往下说道。“接下来大头是六万文武、二十万胥吏及不下二万生员、举人、监生的俸禄、养廉银和养老银，司礼监粗算了一下，预估朝廷为此每年需要支出禄米一千五百万石，户部从哪里保证这笔支出？”
现行盐税制度，可以保证明廷每年获取130万两的收入，冶课和茶课加征后，可以保证60万两的收入，杂课这边不算罚脏银，正常情况下可以提供20万两，也就是说，今后每年商税至少要保证收到550万两！
啥？算错了？宫廷不是还要贴补国家财政350万两吗？
如此算下来，商税一年只要收个200万两即可了？
对不起，你算错了，须知道除了军费及人员薪俸外，其他地方也是要用钱的，什么行政法、备灾金、河工银等等等等，加起来也不是小数目！
朱由崧已经七折八扣了，还是得出了前期每年需要支出300~350万两的数字，这300~350万两的支出，完美的把内廷贴补费用给填进去了，根本就没有一丝的余量----这还是没有计算，日后由国家财政负责京营、勇士营及三洋水师的情况，若是真算上了，那可不就是一年得有至少3000万两营收才能打平收支账目吗？
朱由崧说完了，在场的大臣小臣们也基本心算完了账目，一个个脸色都十分的难看，显然是不看好商税增长的速度能保证到时候一年550万两的收入。
但未来商税到底能收多少，收不齐会出现多大的窟窿，那都是未来的事，眼下最重要的是通过税改方案，免得来不及夏收秋收时实施了----其实夏收已经开始了，但夏税还没有开始交----因此，最后还是首辅马士英勇敢站出来缓和道：“陛下，国家用度吃紧，今后显然更要减省支出才是！”
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朱由崧对于马士英插诨打科的态度略有些不满，但也没有强逼文官集团，准备温水煮青蛙的他顺水推舟的说道：“之前卿等有提及过迁都之事，说起来，朕也想把国都迁回北京，但眼下看来，实不能也啊，所以，迁都之议，十五年后再说吧！目前还是维持北京行兵部、北京国子监以及奉天三行部的格局！”
朱由崧给了个台阶，马士英立刻顺坡下驴了：“臣领旨！”
朱由崧看向其他几名军机大臣：“若没有其他的意见，那就准备拟旨吧！”
户科都给事中章正宸、度支科都给事中诸懋源面色都有些挣扎，显然他们也知道，自己万一代表户科和度支科通过了相关决议，士林的矛头肯定会指向自己的，但若是不同意，朱由崧这边又说不过去，难不成真想着去某家王府当个王府官吗？
故而，挣扎了一会后，也算是朱由崧亲信臣子的诸懋源首先妥协了，只见他躬身应道：“度支科领旨！”
现在压力都来到了户科这边，不过章正宸同样不敢犯颜直谏，所以他咬牙切齿的跟着应道：“户科领旨！”
马士英立刻把相关文件递给了代表司礼监的卢九德，卢九德捧着税改草案、养廉银和养老银草案、废止优免和给予有功名但未出仕者钱粮的内阁呈文退出了乾清宫，去往了司礼监；稍后，司礼监会在这些文件上批红，并重新发回内阁，内阁拿到后，将拟写颁告天下的诏书，诏书将送往户科和度支科确认，若户科和度支科不做否定，则在太常寺下尚宝司用玉玺后正式生效并诏告天下。
等卢九德离开后，马士英请旨道：“陛下，税改既然完成，臣请再次解散军机处！”
朱由崧没有接受：“还有学制改制呢，军机处不用撤销，改组既可！”